MD2ファイルを three.js で実行出来る形式に変換するサイト作られた方が登場しました。
こちらの方は以前、WebGLでアニメーション付きのMD2ファイルを再生するデモなども作られています。
変換については詳しくはこちら書かれています。
Md2 to json converter « OutsideOfSociety
http://oos.moxiecode.com/blog/2012/01/md2-to-json-converter/
簡単に使い方を説明するとこのページにMD2ファイルをドラッグすると変換されてそのままプレビューが行われます。
MD2ファイルだけだとテクスチャは表示されません。テクスチャ付きでプレビューしたい場合はテクスチャも続けてドラッグして下さい。
「Save」ボタンを押すとJSONファイルとして保存出来ます。
関連情報
JSON Model format 3.0 - GitHub
https://github.com/mrdoob/three.js/wiki/JSON-Model-format-3.0
