問題の理由と解消方法はこちらの記事が参考になります。
SizeClassesとXcode6でのAutoLayoutの謎マージン - Qiita
http://qiita.com/uskiita/items/c643f5868f60b496911e
AutoLayout の設定の時点でマージンを設定させたくない場合には Ctrl キーを押しながら親 View を選択した後に表示されるこのポップアップが表示された状態で
option キーを押すと OK です(複数まとめて設定したい場合は Command + option )。
