Android のプロジェクトファイルを出力

BuildPipeline.BuildPlayer() で BuildOptions.AcceptExternalModificationsToPlayer オプションを指定して実行する事で作成可能です。

コードはこんな感じ。

using System.Collections;
using System.Collections.Generic;
using UnityEngine;
using UnityEditor;

public class Test : MonoBehaviour {

	[MenuItem("Build/Build Test")]
	public static void Execute () {
		string[] sceneList = {
			"Assets/Scenes/Main.unity"
		};

		string errorMessage = BuildPipeline.BuildPlayer(
			sceneList,
			"Android",
			BuildTarget.Android, 
			BuildOptions.AcceptExternalModificationsToPlayer
		);
		Debug.Log ("err: "+errorMessage);
	}
}

以下の様なエラーが出た場合には Build System の設定が Internal (Default) になっていると思うので自分が出力したい種類に変更してからもう一度実行してみて下さい。