以前、このブログでも紹介した smcs.rsp を Unity 5.5.1p3 の環境で使った所、以下の様な警告が表示されました。
Using obsolete custom response file 'smcs.rsp'. Please use 'mcs.rsp' instead.
無視して実行するとファイルが存在していない時と同じ挙動に成りました。
素直に mcs.rsp にリネームした所、今までと同じ挙動になりました。
こちらの記事によると 5.5 からの仕様変更っぽいですね。
How to enable unsafe keyword for Unity C# « Unity Coding – Unity3D
http://1darray.com/blog/2016/10/21/how-to-enable-unsafe-keyword-for-unity-c/