Blender(Version 2.49b)でこの様な向き(デフォルトの向き)でモデルを作り、
それをBlenderに持ってくるとこの様な表示に成ります。
取りあえず、Unity側で回転させれば良いかな?と思いこんな状態だったRotationの値を
一応、これで問題なさそうに思えたのですがゲームを開始させると元の向きに戻ってしまいました。
もしやと思いAnimationの項目を見てみたらしっかりと存在していました。Blender側では特にアニメーションを付けて無いのですがデフォルトで付いちゃうみたいです。
Animationのチェックを外すかギアのアイコンの「Remove Component」を実行する事でゲームを開始しても回転しなくは成りますがこれは実際にアニメーションが必要な時には使えない手です。
BlenderでUnity用のデータを作る時は最初から方向に注意して作る様にしましょう。
既に作成済みの場合は他のファイル形式(FBXなど)にExportする様にし、その時に設定するパラメータで上手く調整するなどで何とかなる可能性もあるかも知れません(自分はBlenderのアニメーションにはまだ手を出して無いので実際に出来るもので有るという確信は無いのですが…)。