RectTransform の sizeDelta に値を設定する事で width や height の値を変更可能です。
RectTransform rt = UICanvas.GetComponent (typeof (RectTransform)) as RectTransform; rt.sizeDelta = new Vector2 (100, 100);
参考情報
Modify the width and height of RectTransform | Unity Community
http://forum.unity3d.com/threads/modify-the-width-and-height-of-recttransform.270993/