WebGL の出力は PlayerSettings の Resolution and Presentation の部分で Default と Minimal の2種類のテンプレートから選択可能です。
このテンプレートはもちろん追加可能です。今回はその方法を解説します。
プロジェクトに追加する場合には Assets/WebGLTemplates/テンプレート名 というフォルダ構成でフォルダを準備し、フォルダ内に必要なファイルを設置する事で追加可能です。
ここでは Custom というフォルダを作っていますがこのフォルダ名は自分の分かりやすい名前でOKです。ここのフォルダ名がテンプレート名となります。
フォルダの中に設置するファイルは既存の Default と Minimal のテンプレートをコピーしてそれを加工して使うという手順が簡単でオススメです。
既存のテンプレートは以下のパスに有りました。
【macOS】
/Applications/Unity/PlaybackEngines/WebGLSupport/BuildTools/WebGLTemplates
【Windows】
C:\Program Files\Unity5.5.0f3\Editor\Data\PlaybackEngines\WebGLSupport\BuildTools\WebGLTemplates
なお、どのプロジェクトでも同じフォルダを使うという場合には既存のテンプレートのディレクトリに同じルールで配置すると一覧に追加される様です。
HTML 内に埋め込む文字列の設定などはこちらのドキュメントを参照下さい。
Unity - マニュアル: WebGL テンプレートの使用
https://docs.unity3d.com/jp/current/Manual/webgl-templates.html