最近、Unityのバージョン4.1.1の提供が開始されましたが不具合が見つかった為、4.1に戻されました。詳しくはこちらを参照。
Unity 4.1.1 update rolled back, sorry
http://forum.unity3d.com/threads/175263-Unity-4-1-1-update-rolled-back-sorry
簡単に説明するとAsset Storeなどでよく使われる事前にコンパイルされたファイルを使った場合に不具合が発生する様です。
関連情報
Unity - Unity Japan Official Blog – 【重要】Unity4.1.1 公開一時停止について
http://japan.unity3d.com/blog/?p=963
Unity - Unity Japan Official Blog – 「Unity 4.1.1 update rolled back, sorry」の翻訳を作成しました
http://japan.unity3d.com/blog/?p=966