現在、パブリックベータであるUnity 3.5ではFlashエクスポートが利用可能です。しかし、FAQのページを読むと正式リリース後にはFlashエクスポートはアドオンとして別途購入する必要が有るみたいです。今のうちにしっかり試してみておいた方が良いでしょう。
What happens when the final release is available?
The Flash export option will become an add-on in the same way as the iOS and Android plugins are add-ons to the editor. You will require a purchased serial number at this time.
なお、NaCl(Chrome Native)へ対応した状態でのWeb版の出力については「Free/Basic Licenses」の項目に以下の様な記述が有るのでこちらについては正式版になってもフリー版で出力可能な様です。
Google Chrome Native Client support – the Unity Web Player plays automatically in Chrome without requiring an install.
