まだ詳しい事は書かれていないですがFlashエクスポート用のアドオンのライセンス料金が発表されました。
Unity Technologies Blog » Blog Archive » Unity & Flash update
http://blogs.unity3d.com/2012/03/28/unity-flash-update/
Flash BasicとFlash Proの2つのライセンスが有り、400ドルと1500ドルです。
現在はPreview版なんで別途料金は発生していませんが正式版が出たらこちらのライセンスが必要になるのだと思われます。
ブログ記事には「我々は今までの価格モデルにこだわる」と書かれているのでこちらのライセンスも買い切りでメジャーアップデート以外は料金がかからないのかな? まぁ、詳細が発表されるまではどうなるか分からないですが…
関連情報
FlashやAIRにゲーム開発向けの機能が追加。使い方によってはライセンス料金発生 - 強火で進め
http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20120328/1332942191