まずはこちらから ExifTool というコマンドラインのツールをDLし、インストールします。
ExifTool by Phil Harvey
http://www.sno.phy.queensu.ca/~phil/exiftool/
例えば、MPOファイルが DSCF0039.MPO というファイル名の場合、ターミナルで以下の様にコマンドを入力します。
右目用の画像を R.jpgという名前で出力。
exiftool -trailer:all= DSCF0039.MPO -o R.jpg
左目用の画像を L.jpgという名前で出力。
exiftool DSCF0039.MPO -mpimage2 -b > L.jpg
こちらで紹介してある様に Automator でアプリ化しておくと使い勝手が良いかも知れません。
Extracting the two images from FujiFilm REAL 3D’s MPO format on a Mac « 3D Photography
http://3dphotography.wordpress.com/2009/11/23/extracting-the-two-images-from-fujifilm-real-3ds-mpo-format-on-a-mac/
サンプルのMPOファイル
nakamura001 @ ウィキ - トップページ/立体視/MPOファイル/サンプルファイル
http://www32.atwiki.jp/nakamura001/pages/101.html
情報元
ImageMagick • View topic - MPO format (3D)
http://www.imagemagick.org/discourse-server/viewtopic.php?f=1&t=16275
