CEDEC 2013で講演された「Unity on Windows 8」のスライド
こちらで公開されています。
CEDEC 2013 Unity on Windows 8
http://www.slideshare.net/oniak3/cedec-2013-unitywindows8
Windowsストアアプリの申請手順やプラグインの作り方などの解説も有ります。
ディスクトップ用(IDE上で使用)のプラグインを作る時には Assets/Plugins フォルダに、Windowsストアアプリのプラグインを作る場合には Assets/Plugins/Metro のフォルダを使うという話やUnity 4.2ではJavaScriptやBooは対応していないのでスクリプトはC#のコードに変更しましょうという話が参考に成りました。
関連情報
Unity - Windows Store: Getting Started
http://docs.unity3d.com/Documentation/Manual/windowsstore-gettingstarted.html
Unity on Windows 8 - Akira Onishi's weblog - Site Home - MSDN Blogs
http://blogs.msdn.com/b/aonishi/archive/2013/08/29/10444973.aspx