プログラム部分は Firefox の asm.js として出力されるみたいですね。
UnityでWebGL出力って事は出力データを多少加工するだけでFirefox OS向けのアプリを作れますね。3Dゲームだとシンプルなのしかキツイかもしれませんけど、2Dゲーム開発には有りな気がします。そもそも標準でFirefox OS向けの出力も追加してくれると嬉しいなぁ。
関連情報
Mozilla and Unity Bring Unity Game Engine to WebGL | The Mozilla Blog
https://blog.mozilla.org/blog/2014/03/18/mozilla-and-unity-deliver-award-winning-game-engine-to-the-web/