基本的にはこういう場合は以下の様にcharsetを指定したりすれば直るのですがiPhoneのSafariではこの方法では解消されませんでした。
<script type="text/javascript" src="main.js" charset="uft-8"></script>
色々、試した結果BOM付きのUTF-8だと文字化けせずに表示される事が確認出来ました。
MacだとBOM付きのUTF-8で保存出来る無料のエディタは少ないのですがTextWranglerであれば保存可能です。
メニューから「Edit」→「Document Option」、もしくはショートカットキー control+command+, で表示されるパネルで以下の設定を選んだ後、ファイルを保存すればBOM付きのUTF-8で保存されます。
