MacでUnityに同梱されているMonoDevelopを使っている方はUnityのバージョンアップ毎に以下のページで解説している手順をやっている事かと思います。
MacのMonoDevelopの日本語表示の文字化けの直し方(3.5に同梱されているものの場合) - 強火で進め
http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20120306/1331046562
この手順、Unityのマイナーバージョンアップの時にも実行する必要があり、会社と自分のマシンで毎回やってるのは流石に面倒くさくなったのでターミナルで実行する用のコマンドを作りました。以下の記述をターミナルで実行すると書き換えてくれます。
※意図的に2行にして有りますので1行にして実行しない様に注意して下さい。
sed -i -e "s/font = \"Lucida Grande 14\"/font = \"Lucida Grande 14\"\\ font_name = \"Hiragino Kaku Gothic Pro 10\"/" /Applications/Unity/MonoDevelop.app/Contents/Frameworks/Mono.framework/Versions/2.10.2/etc/gtk-2.0/gtkrc
ファイルのパスに直接Mono Frameworkのバージョンが含まれてるのでバージョンが変わったら動かないという懸念がありますがバージョンが上がったら記述されている位置が変わる可能性も有るのでその時に内容を確認しつつ、新しいのリリースするので良しとしましょう。
もし、以下の様なエラーが出たらバージョンが変わった為に使えなくなったと思って下さい。
sed: /Applications/Unity/MonoDevelop.app/Contents/Frameworks/Mono.framework/Versions/2.10.2/etc/gtk-2.0/gtkrc: No such file or directory
因みにここでやってるのはデフォルトのフォント指定だけなので初回時にはこちらのページで解説している設定(「Preferences」)の画面での設定が必要だと思いますのでそちらは別途手動で行なって下さい。既に1度この設定画面での変更を行なっている場合に以前と同じ設定となっているはずです。