DiffMergeはデフォルトの設定では日本語のファイルは文字化けして表示されてしまいます。こちらは設定で対応可能でした。
日本語を文字化けせずに表示する設定
アプリ起動後、 Cmd+, で環境設定を開きます。
「Rulesets」の「Defualt Ruleset」の「Edit...」をクリック。
これで日本語(UTF-8)のファイルを表示しても文字化けせずに表示されます。
多少、差分表示部分と行の最後の部分の描画がおかしく成っていますが文字化け表示に比べるかなり見やすくなりました。